Nada, puedes emitir tus facturas CFDI con los programas que quieras. Si eliges emitir tus facturas con Facturación en tus Manos, tus facturas serán completamente válidas y legales. Si te gustó el servicio de Facturación en tus Manos, puedes facturar con ambos sistemas hasta que venza el contrato con tu otro software.